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La dificultad irreductible es un razonamiento de los partidarios del diseño inteligente que mantiene que algunos sistemas biológicos son demasiado complejos para haber evolucionado desde precursores más simples, o bien «menos completos», por medio de la selección natural actuando sobre una serie de mutaciones ventajosas de naturaleza azarosa y natural. El razonamiento es central en el diseño inteligente y es extensamente rechazado por la comunidad científica, la que considera al diseño inteligente por unanimidad como una seudociencia. La dificultad irreductible es uno de los 2 primordiales razonamientos utilizados por los defensores del diseño inteligente, al paso que el otro es la dificultad concreta.


Michael Behe, el autor del término «complejidad irreducible» («irreducible complexity»), define un sistema de dificultad irreductible como uno «compuesto de múltiples partes que interaccionan en conjunto para contribuir a su función básica, tal que la supresión de una parte cualquiera causa la ineficacia de todo el mecanismo». Biólogos evolucionistas han probado de qué forma semejantes sistemas pudieron haber evolucionado, y describen la aseveración de Behe como un argumentum ad ignorantiam. En el Caso Kitzmiller contra el Distrito Escolar de Dover de dos mil cinco, Behe dio su testimonio sobre el tema de la dificultad irreductible. La corte halló que «la aseveración sobre la dificultad irreductible del maestro Behe ha sido refutada en artículos de revisión por pares y ha sido extensamente rechazada por la comunidad científica».


La dificultad irreductible es en su núcleo un razonamiento contra la evolución. Si fueran encontrados genuinos sistemas irreductibles, el razonamiento marcha y entonces el diseño inteligente ha de ser una adecuada explicación de sus existencias. No obstante, esta conclusión está basada en el caso de que la presente teoría evolutiva y el diseño inteligente son los 2 únicos modelos válidos para explicar la vida, o sea, presenta un falso problema. Asimismo se le ha criticado de usar un razonamiento ad ignorantiam a favor del Dios de los vacíos.


Michael Behe, autor del término, define un sistema irreductible como «un sistema individual compuesto de múltiples partes bien ordenadas que interactúan para desempeñar la función básica de este, de forma que si se suprimiera cualquiera de esas partes dejaría de marchar por completo».En otras palabras, un sistema irreductible es el nivel más fácil en el que puede marchar ese sistema. El razonamiento busca probar que los seres vivos debieron de ser manipulados durante su evolución a fin de que su funcionamiento fuera el adecuado, apoyándose en que desde una bacteria hasta un humano tienen partes en su organismo cuya supresión evita que este pueda marchar.


El ejemplo principal de este razonamiento es el del flagelo bacteriano y el de qué manera, siendo esta una de las estructuras más simples, muestra determinados rastros de formar parte de un diseño inteligente en tanto que la estructura química de este depende únicamente de sus proteínas en su estructura molecular. En su libro La caja negra de Darwin, Michael Behe examina 6 ejemplos de supuestos sistemas de dificultad irreducible: el cilio y el flagelo bacteriano, el sistema de coagulación de la sangre, el sistema de transporte de materiales en la célula, el sistema inmunológico en el nivel celular, el sistema de construcción de proteínas en la célula y el ojo.


El término de Behe se desarrolló cerca de mil novecientos noventa y dos, en los primeros días de la Estrategia Wedge. Sus ideas fueron presentadas en el primer mes del verano de mil novecientos noventa y tres, y fueron plasmadas en el libro de nivel escolar Of Pandas and People, donde se examinó solamente el capítulo seis, que charlaba de la coagulación y el origen de las proteínas.


La primera vez que empleó el término «complejidad irreducible» fue en su libro La Caja Negra de Darwin (mil novecientos noventa y seis), para referirse a determinados complejos bioquímicos de las células. Mantiene que la ciencia no puede explicar el desarrollo de ciertos sistemas de dificultad irreductible. Behe le da el crédito de dicha idea al pensador William Paley y sugiere que la aplicación de sus conceptos a los sistemas biológicos es absolutamente original.


El sistema de coagulación en los vertebrados es un complejo sistema biológico, que conforme a Behe es un caso de dificultad irreductible. No obstante, la comunidad científica arguye que «cualquier sistema no necesariamente precisa tener exactamente la misma función que el sistema ancestral del que evolucionó»; por servirnos de un ejemplo las aletas de los delfines tienen una función diferente a las patas de los mamíferos terrestres.

Flagelo

El flagelo de determinadas bacterias forma un motor molecular que requiere la interacción de en torno a cuarenta proteínas diferentes. Behe lo presentó como su primer ejemplo de una estructura de dificultad irreductible definida como «un sistema único compuesto de múltiples partes que interaccionan en conjunto para contribuir a su función básica, tal que la remoción de una parte cualquiera causa la ineficacia de todo el mecanismo» y mantuvo que debido a que «un sistema de dificultad irreductible que pierde una parte por definición es disfuncional», no podría haber evolucionado gradualmente a través de la selección natural.


Los científicos estiman que este razonamiento ha sido refutado a la luz de investigaciones que datan de mil novecientos noventa y seis y de descubrimientos más recientes.Señalan que se ha descubierto que el cuerpo basal del flagelo es afín al sistema de secreción tipo III (SSTT), una estructura con forma de aguja que gérmenes patógenos como la Salmonella y la Yersinia pestis emplean para inyectar toxinas a células eucariótida vivas. La base de la aguja tiene diez elementos en común con el flagelo, mas le faltan cuarenta de las proteínas que hacen marchar al flagelo, esto es, el SSTT niega la aseveración de Behe que quitándole una parte cualquiera va a impedir que el sistema funcione.Sobre esta base, Kenneth Miller mienta que "las unas partes de este supuesto sistema de dificultad irreductible tienen sus funciones".


Dembski ha argumentado que el SSTT se halla filogénicamente en un reducido rango de bacterias, al tiempo que el flagelo está extendido por muchos conjuntos bacterianos, lo que le hace meditar que el SSTT es una innovación precedente al flagelo.Contrario al razonamiento de Dembski, diferentes flagelos emplean mecanismos absolutamente diferentes y ciertas publicaciones muestran un camino plausible a través de el que el flagelo bacteriano pudo evolucionar desde un sistema de secreción.


Estudios más a fondo han mostrado que, contrario a la hipótesis de la dificultad irreductible, el flagelo y mecanismos de transporte proteínico relacionados muestran la patentiza de la evolución por medio de procesos darwinianos, aportando estudios de casos en los que sistemas complejos pueden evolucionar desde componentes más simples.

Fases en la evolución del ojo.
(a) Lugar pigmentado.
(b) Simple cúmulo de pigmentos.
(c) Una cavidad óptica encontrada en haliótidos.
(d) Ojo complejo con lente de las caracolas y los pulpos.

Para ciertos el ojo es un caso de un órgano exageradamente complejo y perfecto, cuya supuesta unidad funcional indivisible no pudo haberse creado por procesos naturales.


A menudo se cita un pasaje de El origen de las especies de forma malinterpretada, en donde Hables Darwin semeja reconocer que el desarrollo del ojo es una complejidad para su teoría.Sin embargo, la cita en contexto muestra realmente que Darwin tenía una enorme compresión de la evolución del ojo (véase falacia de cita fuera de contexto). Mienta que «Parece absurdo de todo punto ?lo confieso abiertamente? suponer que el ojo pudo haberse formado por selección natural», si bien esta observación fue meramente una prolepsis usada por Darwin. Entonces explica que si la evolución gradual es posible «la complejidad de pensar que un ojo perfecto y complejo pudo formarse por selección natural difícilmente puede considerarse real». Dicho esto, procedió a trazar grosso modo un plausible curso de evolución, desde organismos sin ojos hasta el ojo humano, utilizando para esto ejemplos de ojos gradualmente más complejos de múltiples especies actuales, probando conque la evolución gradual es viable.

Los ojos de los vertebrados (izquierda) y también invertebrados como el pulpo (derecha) evolucionaron independientemente: los vertebrados evolucionaron una retina invertida con un punto ciego sobre su papila óptica, al paso que los pulpos evitaron esta pequeña ceguera con una retina no invertida.

Desde los días de Darwin hasta el presente, se ha comprendido mucho mejor la ascendencia del ojo. Si bien estudiar la estructura del ojo ancestral por medio de la patentiza fósil es conflictivo dado a que los tejidos blandos no dejan marcas o bien remanentes, la patentiza procedente de la genética y la anatomía equiparada ha apoyado poco a poco más la idea de un antepasado común para todos y cada uno de los ojos.


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